В структуру института входят технологические лаборатории и сектора по основным направлениям кондитерской отрасли:

- Технологический отдел;

- лаборатория технологии производства шоколадных и сахарных кондитерских изделий;

- лаборатория технологии производства мучных кондитерских изделий;

- сектор физических методов обработки кондитерских масс.


Кроме того,  входят следующие структурные подразделения:

- Финансово-бухгалтерский отдел;

- Общий отдел;

- Хозяйственный отдел;

- Отдел современных методов оценки качества; 
       
          - лаборатория физико-химических исследований;

          - лаборатория хроматографических исследований;

          - сектор микробиологии, гигиены и санитарии.

- Отдел стандартизации кондитерских изделий;

          - сектор патентно-лицензионных исследований.


Директор - временно исполняющий обязанности директора